Nykyisen vihikoiran tärkein kantaisä oli Pyhän Hubertuksen koira joka on peräisin 600 jKr. Ranskalainen metsästäjä (sittemmin munkki, piispa ja pyhimys St. Hubertus) Francois Hubert kasvatti oman linjansa metsästyskoiria Ranskan Ardenneilla. Hänen kuolemansa jälkeen luostarin munkit jatkoivat koirien kasvattamista. Vielä tänäänkin vietetään Pyhän Hubertuksen päivää 3. marraskuuta.

Alunperin Pyhän Hubertuksen koirat olivat mustia, mutta ajan kuluessa niille ilmaantui pienet ruskeat merkit, joiden koko suureni vähitellen. Wilhelm Valloittaja vei vuonna 1066 mukanaan Englantiin Pyhän Hubertuksen black and tan vihikoiria. Hänen poikansa jatkoi niiden kasvatusta Englannissa. Vihikoiria käytettiin tuolloin kauriinmetsästykseen. Lähes seitsemänsadan vuoden ajan Pyhän Hubertuksen luostarista lähetettiin kolme paria vihikoiria Ranskan kuninkaalle, joka edelleen lähetti koiria Englantiin. Alkuperäinen Pyhän Hubertuksen linja säilyi 1800-luvulle asti.

Toinen nykyisen vihikoiran kantaisä on Talbotin koira. Niiden uskotaan syntyneen valkoisten Pyhän Hubertuksen koirien ja muiden valkoisten ranskalaisten koirien risteytyksen tuloksena. Näitäkin vietiin Englantiin, joissa ne säilyivät 1800-luvun alkuun, vaikkakin kuolivat Euroopassa sukupuuttoon.

Noin 1500-luvulla vihikoiraa alettiin käyttää enemmän ihmisten jäljittämiseen, etenkin apuna salametsästäjien ja lammasvarkaiden kiinniottamisessa. Vihikoiran jäljestyskykyä arvostettiin niin, että koirien salliittiin tarvittaessa jäljittää rikollisia heidän koteihinsa asti. Täten vihikoirasta tuli rikollisten kauhu ja paljolti vihikoiran ansioksi laskettiin rikosten määrän väheneminen.

Kun ajan myötä kauriinmetsästys vaihtui ketunmetsästykseen Englannissa, jalostettiin vihikoiran ja muiden rotujen risteytyksenä pienempiä ja nopeampia rotuja, kuten kettukoira ja beagle. Näihin aikoihin vihikoiraa alettiinkin käyttää enemmän ihmisten jäljittämiseen. Vähitellen rodun määrä kuitenkin hiipui. 

Rodun pelastukseksi koitui koiranäyttelyharrastuksen alkaminen 1859. Vihikoiran suosio ja rodun lukumäärä kasvoi selkeästi näyttelyharrastuksen myötä. 

Vuonna 1898 Englannin vihikoirakasvattajien yhdistys (Association of Bloodhound Breeders) alkoi edistää rodun jäljestyskäyttöä harrastuksena. Vaikka kaikki silloiset vihikoirat olivatkin näyttely- ja seurakoiria, kävi ilmi ettei vuosikausien jalostus muuhun kuin metsästyskäyttöön ollut kuitenkaan tuhonnut vihikoiran luontaista vainukykyä. Tästä alkoi uudelleen kiinnostus vihikoiran käyttöön ihmisen jäljittämisessä.

Ensimmäiset vihikoirat tulivat Amerikkaan joskus ennen vallankumousta, tarkka ajankohta ei ole tiedossa. Vastoin yleistä uskomusta, vihikoiria ei juurikaan käytetty karanneiden orjien jäljittämiseen Amerikassa, vaan nämä koirat olivat tiettävästi vihikoiran. tanskandogin, mastiffien tai muiden isojen koirien risteytyksiä. Kansallissodan aikana vihikoirakanta pieneni Amerikassa ja alkoi kasvaa vasta 1800-luvun loppupuolella, näyttelyharrastuksen innoittamana. Kun Englannin vihikoirakanta romahti toisen maailmansodan aikana, tuotiin useita vihikoiria Englantiin Amerikasta. Näin rodun kanta saatiin taas elpymään Englannissa.

Nykyään vihikoira on melko yleinen niin Englannissa kuin Yhdysvalloissakin. Euroopassa vihikoirien määrä vaihtelee maittain. Vihikoiria pidetään useimmiten seura- ja näyttelykoirana, mutta etenkin Euroopassa niitä käytetään jonkun verran myös metsästykseen. Yhdysvalloissa ja pienemmässä määrin myös joissain muissakin maissa, vihikoiraa käytetään paljon myös kadonneiden ihmisten ja karanneiden rikollisten jäljittämiseen. Rodun laajemman viranomaiskäytön esteenä on lähinnä sen yksipuolisuus - vaikka vihikoira onkin mestarijäljestäjä, sillä ei ole monen muun koirarodun miellyttämisenhalua, jolloin sen koulutettavuus on huono.

Suomeen ensimmäinen vihikoira tuli Englannista 1924, mutta Suomen Vihikoirayhdistys r.y. perustettiin vasta vuonna 1971. Suomen vihikoirakanta perustuu lähinnä Englannista, Ruotsista, Norjasta ja Tanskasta tuotuihin koiriin.